En el municipio de Cienfuegos se encuentra el área Guanaroca que presenta la categoría de parque natural. Entre las principales especies cinegéticas tenemos el tocororo, el venado, codorniz, paloma rabiche, yaguasín, pato de Florida, pato de Bahamas y pato Huyuyo, se localizan en las presas, micropresas y lagunas costeras de toda la provincia.
Las especies en peligro de extinción que más se destacan son: Cayama y Sebuja, zonas costeras vinculadas a manglares; Ej.: en la Laguna de Guanaroca, en esta zona es donde único abunda el Flamenco Rosado.
El Gavilán Caracolero se encuentra en toda la provincia. Existen otras especies, pero no abundan sus ejemplares en este municipio como el majá Santa María e Iguana.
Vegetación
En el municipio de Cienfuegos se encuentra el Jardín Botánico, donde existe la reserva florística más importante de la provincia y del país. Considerado como el Banco de Gemoplasma más completo de Cuba. El mismo es Monumento Nacional.
En este territorio existen algunos bosques naturales y áreas desforestadas. De forma aislada se encuentra el roble, arabo, granadillo y está casi extinguida la jagua.
En la ciudad es común encontrar en casi todas las aceras de las distintas calles sembrados de majagua.
La flora está representada por árboles típicos de nuestro clima: el mango, el aguacate, guayaba, ceiba, palma real, guásima, cedro, almacigo, la yagruma, el framboyán, palma cono y otros.
En el municipio se refleja la interacción entre los diferentes componentes naturales, clima, suelo, relieve; representado por formaciones herbáceas principalmente gramíneas. Las hierbas silvestres como el romerillo, guisaso de caballo, verdolaga y otras muy usadas por la población como plantas medicinales son predominantes en las sabanas.